Le secteur secondaire représente, en 2005, 17%du PIB.
Les ressources minières sont le phosphate, le sel, l’or et l’uranium.

Depuis 2005, le Mali est le troisième producteur d’or du continent, derrière l’Afrique du Sud et le Ghana. Le secteur attire de plus en plus d’investisseurs.
Cependant, compte tenu des exonérations accordées par le code minier, la contribution de ce secteur aux recettes fiscales demeure limitée (environ 40 milliards de francs CFA).

Le sel fait l'objet d'un commerce traditionnel.

L’activité industrielle concerne l’agroalimentaire mais surtout le textile.
Bien que peu développée, (seulement 1% du coton produit est transformé), l’industrie cotonnière assure 40% de la valeur ajoutée industrielle. Elle est contrôlée par la Compagnie malienne de développement des textiles et est très protégée.

79% de l’électricité produite sont d’origine hydraulique. Seulement 15% de la population citadine a accès à l’électricité et quasiment pas dans les villages.