Les migrations des populations sahariennes vers la vallée du Niger débutent au IIIe millénaire alors que le climat se fait plus aride. À l’aube de notre ère, le delta intérieur du fleuve est déjà au cœur des échanges entre la savane et le désert. Les premières cités voient le jour.

Le commerce transsaharien du sel et de l’or fonde la prospérité de l’empire du Ghana, érigé par les Soninké, vers le Ve siècle apr. J-.C., dans cette région du Soudan occidental, entre les fleuves Niger et Sénégal. En 1076, l’empire succombe sous les coups des Almoravides berbères, qui ont entrepris l’islamisation de l’Afrique occidentale. C’est à cette époque que les Bambara s’installent dans la région.

Au XIIIe siècle, le Ghana, redevenu un royaume est absorbé par l’empire du Mali, qui contrôle les gisements aurifères du Haut -Sénégal-Niger et qui, à son apogée, sous le règne de Kankan Moussa, étend son influence sur toute la savane de l’Ouest africain, jusqu’à l’Atlantique. Djenné, Gao et Tombouctou deviennent de grands centres commerciaux, artistiques et intellectuels de l’islam soudanais.

Le territoire malien est morcelé en plusieurs petits États à partir du 13e siècle, dont celui de Ségou fondé par les Bambara. Ces derniers, comme les Dogon résistèrent à l’islamisation. Ils sont la cible de la guerre sainte menée, dans la seconde moitié du XIXe siècle, par le chef musulman El-Hadj Omar, qui fonda un empire toucouleur, s’étendant de Tombouctou jusqu’aux sources du Niger et du Sénégal. Ce dernier poursuivi par les Peul et les Bambara meurt en 1864, à Bandiagara.

Les Français arrivent dans la région ayant à leur tête Joseph Gallieni qui, à partir de 1880, mène des combats meurtriers contre les troupes de Samory Touré, chef de guerre malinké et fondateur d’un empire dans le Haut -Niger, et contre les Toucouleur, qui résistent au nord (siège de Médine contre les Français). En 1898 ils arrivent à leur fin.
Le Mali, une partie de la Mauritanie, du Burkina et du Niger forment, en 1904, la colonie du Haut- Sénégal-Niger dont la capitale est Bamako. En 1921 la Haute-Volta (aujourd’hui Burkina Faso) se détache.

Toute activité politique est en revanche interdite aux colonisés jusqu’au lendemain de la Seconde Guerre mondiale.
En 1946, à Bamako, est constitué le Rassemblement démocratique africain (RDA), qui mène la lutte pour l’indépendance de l’Afrique occidentale. Sa section malienne, l’Union soudanaise, est dirigée par Modibo Keita.

En janvier 1959, le Mali se joint au Sénégal pour former la fédération du Mali , qui se proclame indépendante le 20 juin 1960. Cette fédération éclate en septembre.

 Après plus de vingt ans de pouvoir, le Président Moussa Traoré est renversé en 1991 et remplacé par le candidat Alpha Oumar Konaré élu au suffrage universel en 1992.

Réélu pour un deuxième mandat en mai 1997, Alpha Oumar Konaré, n'a pu, conformément à la Constitution, briguer un troisième mandat. Il a été remplacé en 2002 à la tête de l'Etat par Amadou Toumani Touré, candidat indépendant. Ce dernier a été réélu en avril 2007.