La capitale du Mali est Bamako, sur le fleuve Niger, dans le sud-ouest du pays.

Bamako est le centre administratif du pays et un important port fluvial.
Reliée à Dakar par la voie ferrée Niger-Dakar et à Abidjan par la route, Bamako est un carrefour industriel et un centre commercial pour toute la région alentour.

Autrefois centre d’enseignement musulman sous l’empire du Mali (XIe-XVe siècle), Bamako était un gros village fortifié, prospère et réputé, véritable pôle d'attraction, lorsque les français y pénètrent en 1883.
Charmés par cette vallée verdoyante enserrée entre des collines, ils s’y installent et vont utiliser ce site privilégié pour y créer un centre administratif qui va progressivement gagner en importance.
Bamako deviendra la capitale du Haut Sénégal-Niger le 17 octobre 1899. en 1908, elle devient le siège du gouverneur avant d’être officiellement la capital du Soudan français en 1920.

Outre une université, Bamako accueille un centre de recherche zootechnique et est équipée d’une centrale thermique.
L’exode rural et le développement du secteur tertiaire ont favorisé l’expansion de la ville : en 2009, la ville compte 2 209 225 habitants (Bamakois). Son rythme de croissance urbaine est l’un des plus élevé d'Afrique.

Le Mali est divisé en huit régions administratives, auxquelles s’ajoute le district de Bamako : Gao, Kayes, Kidal, Koulikoro, Mopti, Ségou, Sikasso et Tombouctou.
Les autres villes principales sont Ségou et Mopti, importants centres de pêche situés sur le cours inférieur du Niger.

Ségou, 107 000 habitants en 1998, est une ville du sud-ouest du Mali, située sur le Niger, à 240 km de la capitale.
Au cœur d’une région agricole fortement irriguée, Ségou est un centre commercial et un port fluvial qui a développé une industrie alimentaire et desmanufactures de coton.
C’est également le siège de l'Office du Niger.

Mopti, est une ville du centre du Mali, située dans la plaine du Macina.
Au confluent du Niger et du Bani (un des gros affluents du Niger), Mopti s’étend sur trois îles reliées par des digues servant à la fois de protection et de routes.
Née d’un village de pêcheurs Bozo, Mopti devient vite prospère sous la domination du réformateur musulman El-Hadj Omar un chef Toucouleur (issu du Sénégal) menant une guerre contre les Peuls au milieu du 19è siècle.
Durant la colonisation française, elle devient le plus grand port fluvial du Soudan français, dans le delta intérieur du Niger, ainsi qu’un centre commercial de poids.
C’est aujourd’hui encore un très grand port et centre commercial. La ville a en outre développé un petit centre industriel spécialisé dans le textile et l’alimentation.
Carrefour entre le Nord et le Sud, la ville est une zone de brassage de population d’origines diverses, qui comptait en 1998, 86 000 habitants.