Le nord du Soudan est traversé par le Nil qui sépare le désert Libyque entrecoupé de plateaux escarpés et le désert de Nubie bordé par la chaîne des montagnes de la mer Rouge qui culmine à 2 200 m.
Dans les zones sahéliennes la désertification est accentuée.

Le centre du Soudan ou se rejoignent le Nil Blanc et le Nil Bleu , connaît une végétation importante surtout dans les vallées très arrosées.

Le Sud est formé d'une grande plaine argileuse et imperméable, très marécageuse, où s'étalent et s'évaporent une partie des eaux du Nil Blanc.

Le point le plus élevé du Soudan , c’est  le mont Kinueti situé  à l'ouest près de la frontière avec l'Ouganda, il s'élève à 3 187 m.

La faune est abondante dans les plaines et les régions équatoriales du Soudan : crocodiles, hippopotames, girafes, léopards, babouins. Le Nil est  un point d'arrêt pour les oiseaux venant du sud de l'Afrique en hiver. Dans la zone équatoriale le moustique par son importance favorise le paludisme.