L’Ouganda est situé à une altitude moyenne de 1 200 m.
Un haut plateau accidenté occupe la majorité du territoire.
Le pays est parcouru de collines et recouvert de nombreux lacs recouvrant 15% de la superficie de l’Ouganda.

L'Ouganda est traversé par le Haut Nil et bordé à l’Ouest par le fossé du rift occidental, où se trouvent les lacs Kyoga, Édouard, George, et Albert. La moitié du lac Victoria se situe en Ouganda.

Egalement à l’ouest, s’étend la chaîne du Ruwenzori, culminant à 5 119 m. À l’est le mont Elgon s’élève à 4 321 m.
Le sud de l’Ouganda est occupé par les collines et est recouvert d’une savane arborée, tandis que la forêt domine le Centre et l’Ouest du pays.

De nombreuses espèces animales sont présentes ur le territoire. Chimpanzés et gorilles vivent dans les montagnes tandis que les éléphants, rhinocéros, cervidés, lions et léopards occupent la savane.