Les premiers hommes, des homo habilis ont disparus il y a environ 1,5 million d'années.
Les bantous peuplèrent dans un premier temps la région des grands lacs africains.
D’autres peuples comme les pasteurs du Nil s’installèrent sur le territoire ougandais au début de notre ère. Ces deux grandes populations fondent au 15e siècle le premier grand royaume de Buganda. L’indépendance du territoire est proclamée et Kabata, alors roi, contrôle le royaume.

Les premiers explorateurs européens, des britanniques entrent en Ouganda à la recherche des sources du NIL. Le premier missionnaire parvient au Buganda en 1879.
Pour mettre fin à la guerre civile qui s’ensuit, Mwanga, fils de Mutesa Ier, signe un accord de protectorat avec les Britanniques. Ces derniers, aidés de l’armée du Buganda, s’étendent aux royaumes du Toro et de l’Ankolé.
Le Buganda conserve son propre système politique et social contrairement aux autres royaumes colonisés. Dès 1945,  l’indépendance est sollicitée  au Buganda. En 1953, le kabaka  Mutesa II est exilé à Londres pendant trois ans pour avoir sollicité une indépendance séparée.

Un accord en 1962 permet à l’Ouganda d’accéder à l’indépendance.
Mais l’accord entraîne le problème des structures politiques. La solution retenue, exprimée dans la première Constitution, est de type fédéral, elle associe les quatre anciens royaumes, mais le Buganda maintient sa prépondérance jusque dans le nom du nouvel État, l’Ouganda, pays des Bagandas.
Le kabaka Mutesa II en devient le président à vie.

Milton Obote, fondateur, en 1960, du Congrès du peuple ougandais, (UPC) devient Premier ministre. L’UPC parti des populations nilotiques du Nord est contre la domination économique et politique du Buganda ce qui déclenche des tensions entre le Nord nilotique et le Sud bantou.
En mai 1966 Obote, partisan de la centralisation fait appel à son chef d’état-major, Idi Amin Dada. Obote proclame une nouvelle Constitution qui supprime les royaumes, et programme un régime présidentiel avec un parti unique.

La résistance des Bagandas, que la politique de nationalisation du commerce entreprise par Obote menace directement dans leurs intérêts, la dégradation économique et les accusations de corruption se conjuguent pour déstabiliser Obote. En 1971, Idi Amin Dada, prend le pouvoir par un coup d’État pendant l’absence d’Obote. Les opposants sont éliminés. Les Asiatiques sont expulsés ainsi que les Indiens.

Après l’invasion d’Amin Dada et de son armée en Tanzanie, le président Obote s’exile en Arabie Saoudite.

Le président tanzanien, Julius Nyerere réagit en envoyant des troupes sur le territoire ougandais. Il favorise le rétablissement d’un régime civil. Après la succession de trois présidents à la tête de l’Ouganda, Milton Obote en décembre 1980 revient au pouvoir.

L’économie est inexistante, c’est la famine, le pays connaît un taux d’inflation important.

En 1981, les troupes tanzaniennes se retirent. L’opposition est arrêtée et  Milton Obote confie les principaux postes politiques et militaires aux membres de son groupe ethnique, les Langos.

En 1985, un coup d’État, dirigé par le général Tito Okello, nordiste, appartenant à l’ethnie nilotique des Acholi, renverse  Obote, celui-ci se réfugie en Zambie. En janvier 1986, après quatre jours de combat à Kampala, Yoweri Museweni est porté au pouvoir.

Des réformes voient le jour et permettent la croissance. Museweni appelle à l’union nationale. Toutes les ethnies sont au sein du gouvernement mais il refuse le multipartisme. En 1992, il accepte la restauration de la royauté au Buganda. Mutebi II est intronisé, le multipartisme est toujours désapprouvé.

Le Soudan apporte son soutien au groupe armé de la résistance. Dès lors, des opposants réfugiés au Congo se réorganisent.

Le président Museweni apporte son soutien aux opposants Rwandais. Allié de Laurent Désiré Kabila, il participe, en 1994-1997, au renversement du président zaïrois Mobutu. En 1999, lâché par les pays occidentaux qui désavouent sa politique excluant le multipartisme, le président Museweni abandonne ses alliés rwandais et marque la rupture entre l’Ouganda et le Rwanda au cours de l’année 2000.

En juin 2000, un référendum sur le multipartisme est favorable au rejet de ce projet.

En mars 2001 Yoweri Museweni est réélu président de la République avec 69 % des voix.
Il maintiendra un régime sans parti, au nom de la lutte contre le « divisionnisme » politique, religieux et régional. Cependant, face à la pression internationale et notamment l’insistance des bailleurs de fonds, l’instauration du multipartisme sera adoptée par un nouveau référendum et inscrite dans la constitution.

Yoweri Museveni sera reconduit à la tête de l’Etat en 2006 suite à la suppression de la limitation à deux mandats présidentiels.