L'Ouganda présente un climat équatorial chaud et humide, tempéré par l’altitude.

Les températures vont de 15 à 25°. Dans les hauteurs, au sud-ouest du pays, les nuits peuvent être très froides.

Le pays connaît deux saisons des pluies : de mars à début juin puis d'octobre à décembre. Pendant ces périodes, de nombreuses pistes ne sont pas ou peu praticables; y compris avec un 4x4.
Les abords des lacs (Victoria, Albert...) sont généralement plus arrosés (1500 mm contre 760 mm à l'intérieur des terres).