Les traditions orales rendent difficiles les recherches des anthropologues et des historiens. Il semblerait cependant, selon les résultats des fouilles, que les premiers habitants du Malawi soient des peuples bantous qui s’installèrent dans la région au 1er siècle de notre ère. Une multitude de petits royaumes coexisteront dominés par les chewas au 14è siècle. Ils seront rejoints plus tard par un peuple originaire du sud Soudan, les Yao, puis par les Ngounis, fuyant l'expansion des Zoulous et à la progression des colons hollandais (boers).

Au 17è, les premiers Européens arrivent au Malawi. Ce sont des portugais venant des côtes du Mozambique. Ils établirent des comptoirs commerciaux dans la vallée du Zambèze et organisèrent un immense trafic d’esclaves.
En 1859, David Livingstone (1813-1873, missionnaire et explorateur britannique) sera le premier européen à atteindre les rives du fleuve Malawi. Il dénonce les ravages du trafic d’esclave et ouvre la voie à l'établissement, à partir de 1875, de missionnaires britanniques, bientôt suivis par des commerçants anglais et écossais.

Un consul britannique s'établit dans le pays en 1883.
En 1891, les Britanniques, redoutant l'expansion portugaise et Allemande, imposent aux souverains indigènes la déclaration formelle d'un protectorat.
En 1907, ce protectorat pris le nom de Niassaland (qui signifie "lac"en langue Yao).

Les Britanniques maintinrent le contrôle de cette région pendant toute la première moitié du 20è siècle, en s'opposant à de nombreuses tentatives des habitants pour leur indépendance.
Ainsi, pendant la Première Guerre mondiale, dans la région de Blantyre, une rébellion organisée par le pasteur John Chilembwe (1860-1915 : précurseur de l'Eglise et du nationalisme africains ayant étudié aux Etats-Unis) contre la participation forcée de ses compatriotes à l’effort de guerre britannique et contre l’accaparement des terres par les colons sera rapidement et sévèrement réprimée.

Une élite africaine ayant étudié dans les écoles européennes et des États-Unis émerge permettant la création, en 1944, du Niassaland African Congress (NAC) qui sera la principale voix de l’opposition au régime colonial.
En 1953, le Niassaland entre dans la Fédération de Rhodésie et du Niassaland, avec la Rhodésie du Nord (ancien nom de la Zambie) et la Rhodésie du Sud (ancienne appellation du Zimbabwe). En 1958, le docteur Hastings Kamuzu Banda devient la figure de proue du NAC qu'il tranforme en Malawi Congress Party (MCP).
Incarcéré en 1959, il sera libéré en avril 1960 et revient à sa position de leader du mouvement. Face à cette menace, les britannique opte pour une décolonisation en douceur et invitent Banda à venir participer à une conférence à Londres. En 1963, le MCP gagne les élections législatives.

Le Malawi accède à l’indépendance en juillet 1964 après un processus de décolonisation qui s’est effectué dans le calme (l'autodétermination en 1962, dissolution de la Fédération de Rhodésie et Nyasaland en 1963).
En 1966, le Malawi adopte une nouvelle constitution, devient une république avec un parti unique et Hastings Kamuzu BANDA, chef du "Malawi Congress Party" (MCP) devient chef de l’Etat.

Très vite, BANDA va se transformer en despote. Il est aidé en cela par l'aile paramilitaire du MCP (les jeunes pionniers) qui contribue à maintenir le pays sous un régime autoritaire jusqu'en 1990.
Déclaré président à vie du Malawi en 1971, Banda contrôle la presse et l’économie tout entière. Toute rébellion est rapidement et sévèrement réprimée. Les opposants politiques sont envoyés en exil lorsqu’ils ne finissent pas dans les prisons d’Etat. Les droits de l’homme sont bafoués.

Sous la pression de la communauté internationale qui exige la preuve d’agissements allant en faveur des principes de bonne gouvernance pour l’octroi d’aide au développement, et des églises du Malawi, le régime se voit contraint d’organiser un référendum par lequel il demande au peuple s’il veut ou non passer au multipartisme.
Le 14 juin 1993, 80% des habitants du Malawi votèrent en faveur d'un régime démocratique multipartis. Banda accepte le résultat et sera battu aux premières élections libres du 17 mai 1994 par Bakili Muluzi de l'United Democratic Front (UDF).

Uni à l'Alliance for Democracy(AFORD), Muluzi devient le second président du pays. Ses premières mesures consistent à offrir des postes ministériels aux membres de l’opposition et à libérer les prisonniers politiques. Il réaffirme la liberté d’expression et la liberté de la presse et le principe de la gratuité de l’école primaire.
En 1993.avec l’aide de la Banque Mondiale et du FMI, un plan de redressement structurel est instauré et des réformes économiques engagées.

Aux élections présidentielles et parlementaires le président MULUZI est réélu pour un second mandat et son parti l’UDF gagne la majorité des sièges au parlement.
Les principaux partis d’opposition accusent Muluzi de fraude et l’année suivante, les élections locales seront marquées par un fort taux d’abstention

En 2002, le président MULUZI tente d’amender la constitution (qui limite le nombre de mandats présidentiels à deux) afin de pouvoir se représenter aux élections de 2004. Cet amendement sera rejeté à deux voix près par le parlement.

Aux élections de mai 2004 Bingu wa MUTHARIKA, désigné par Muluzi, bat le candidat du MCP et devient ainsi le troisième président du Malawi mais l'UDF n'a pas la majorité au Parlement et le nouveau président forme un "Gouvernement d'Unité Nationale".

Bingu wa Mutharika quitte l'UDF, officiellement à cause d'une significative divergence de vue à propos de la campagne anti-corruption initiée par le président.