L'île offre des contrastes entre les Hautes Terres centrales et les régions basses périphériques.

Un plateau central montagneux de 800 à 1 200 m d’altitude -les Hautes Terres- domine l’île. Elles sont constituées d’un enchevêtrement de plateaux, de collines, de massifs compacts mais aussi de hautes plaines et de vastes bassins.
D’origine volcanique, les montagnes culminent à 2 876 m au Maromokotro, dans le Tsaratanana au nord. La chaîne de l’Ankaratra, près de la ville d’Antananarivo, atteint 2 643 m d’altitude.

À l’est, le terrain descend en pente raide vers une étroite bande côtière, rectiligne, bordée de lagunes, de marais et de collines basses, en bordure de l’océan Indien.
A l’ouest en revanche, la plaine côtière, bordant le canal du Mozambique est très vaste.

Le nord du pays est composé de cuvettes et de plaines enchâssées dans des formations volcaniques, karstiques ou cristallines, et débouchant sur des deltas alluviaux.
Le sud quant à lui, est essentiellement constitué d'une pénéplaine dont l'altitude varie entre 150 et 500 m.

Les principaux fleuves et rivières de Madagascar descendent en une forte pente des Hautes Terres ce qui les rend impraticables à la navigation.

La Betsiboka, la Tsiribihina, la Mangok et l’Onilahy coulent vers l’ouest pour se jeter dans le canal du Mozambique à travers des vallées fertiles.
En revanche, les fleuves qui coulent vers l’océan Indien sont courts et rapides, dévalant souvent des Hautes Terres en cascades.
Le lac le plus important est le lac Alaotra sur les hauteurs, à l’ouest de Toamasina.

La forêt couvre encore 12 millions d'hectares ( 20% de la superficie du pays ).
La savane prédomine dans les régions plus sèches de l’Ouest et une végétation désertique à épineux couvre le sud-ouest.